Die Klasse 12 der Fachoberschule wird mit dem Zeugnis der (allgemeinen) Fachhochschulreife abgeschlossen und berechtigt zum Studium aller Fachrichtungen an einer Fachhochschule (FH), manchmal zu einem Universitätsstudium. Ein mindestens sechswöchiges Praktikum oder eine Berufsausbildung in einem anderen Fachbereich erlaubt es dem Absolventen mit einer Fachhochschulreife ein Studium in einer anderen Fachrichtung einzuschlagen. Manche Fachhochschulen verlangen jedoch nicht unbedingt ein Praktikum, hier genügt der schulische Teil, wie man ihn auch an einem allgemeinbildenden Gymnasium nach Bestehen der Stufe 11(G8) bzw. 12(G9) erhält. Allerdings gibt es die Möglichkeit, nach dem Studium an einer Fachhochschule an eine Universität zu wechseln. In einigen Bundesländern kann dieser Wechsel auch mit dem bestandenen Grundstudium der Fachhochschule erfolgen. In diesem Falle wird zusätzlich eine fachgebundene Hochschulreife erworben. Der Abschluss der Fachhochschulreife nach Klasse 12 der FOS/BOS wird umgangssprachlich auch als Fachabitur bezeichnet.

Der Abschluss der 13. Klasse vermittelt in Zusammenhang mit einer zweiten Fremdsprache die allgemeine Hochschulreife (Abitur), die zum Studium an allen deutschen Hochschulen (Universitäten und Fachhochschulen) berechtigt.

Ohne zweite Fremdsprache (in der Regel Französisch oder Latein, seltener Italienisch oder Spanisch, in Einzelfällen auch andere Sprachen wie Polnisch, Arabisch) erhält der Absolvent der FOS 13 die fachgebundene Hochschulreife, die zum Studium an Universitäten ausschließlich in der Fachrichtung der Fachoberschule (Technik, Wirtschaft etc.) berechtigt. So befähigt zum Beispiel ein Abschluss der FOS 13 in der Fachrichtung Wirtschaft (ohne zweite Fremdsprache) nur zum Universitätsstudium der Betriebs- oder Volkswirtschaftslehre.